公元1275年，蒙古族军队进入建康府（今南京），把建康作为向南宋都城临安进军的战略要地。随后，忽必烈设江淮行省，治所在扬州（今扬州市）。1278年，元军元帅发水陆师2万分兵南下。1282年，元军攻克江南，自此，元世祖忽必烈“于濒海沿江六十三处安置军马”，其中在扬州驻扎的蒙古士卒，超过9000人。此后，扬州一直是蒙古军队镇守重地，元末，亲王脱欢太子亲自率军镇守扬州，提调四省军马。足见，扬州蒙古军人数之众。

　　作为东南重镇，建康府也是蒙古军队驻扎较多的地点之一。例如，至元二十七年，建康府的上元、两江两县共有军户7094户，30257人（不含汉军户976户），多数是蒙古族和北方民族。当时，建康府的普通市民中，也出现了蒙古族人，比如，上元县登记的户口中，就有14户蒙古居民。而官府的官员，则更是蒙古人居多。

　　明朝取代元朝后，蒙古军队撤回北方，但也有一部分蒙古人留在了江南，不断地与当地的民族融合。到了清代，驻防江南的清军，除了满族官兵，还有蒙古八旗兵。例如，资料记载，清朝康熙十三年（1674年），江宁驻防城调入蒙古八旗兵2600人，第二年大部调离；乾隆二十八年（1763年），蒙古官兵1185人全部调往京口（今镇江）驻守。

　　民国时期，作为首都，南京接纳了很多前来学习、交流的蒙古族同胞。当时南京的国立边疆学校，就有不少蒙古族的学生。

　　明清至民国时期

　　西南少数民族沿黄金水道来江苏

　　前文提到，南朝宋文帝刘义隆，在元嘉二十二年（445年），将襄、沔蛮等南方少数民族14000多人迁来南京一带。这些少数民族中，就有苗族、彝族、土家族等成员。而在元代出版的《至正金陵新志》中，统计的“南人”户中，就包括苗族等少数民族同胞。

　　明代洪武和永乐年间，南方各少数民族经常派人来南京朝贡。从那时起，每逢三四月至八九月涨水时候，就有擅长农业，又兼营木材的西南少数民族同胞，沿着黄金水道，从长江上游运来大批的竹筏等竹制品。一直到民国年间，每年涨水季节，在南京的上新河、螺丝桥、棉花堤、二道桥约5公里的江心洲夹江里，都有竹筏密布江面。

　　西南少数民族来到江苏，还与清朝末年的太平天国起义有很大关系。太平军中有大批的壮族、瑶族兵丁，他们沿长江随军征战，每打下一座城池，军队就驻扎下来。太平天国失败后，很多少数民族的官兵留在江南，并迅速融入当地。

　　明清以后，西南少数民族地区与江苏的沟通交流仍旧很多。比如，1937年6月，湖南、贵州省部分苗族人士组成“湘黔边区苗民参观团”来南京参观并谋求发展机遇。

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　　南京有54个少数民族

　　根据第六次全国人口普查统计，南京现有54个族别的少数民族，人口10万左右，占全省少数民族人口的三分之一强。其中回族8万余人，占南京少数民族人口总数的80%以上。其他千人以上的少数民族有：满族、蒙古族、苗族、壮族、朝鲜族和土家族。近年来，南京市外来流动少数民族人口不断增加，已达5.3万人，全市少数民族人口总数已超过15万人。